O Linux LVM é o Gerenciador de Volume Lógico do Linux . Essencialmente, é uma maneira mais sofisticada de lidar com discos e evita os limites com o conceito herdado de partições.
Se você não configurou o LVM originalmente, então você não deve usá-lo, a menos que você o queira especificamente. Então você deve escolher o Linux. Neste estágio, você não está formatando, está criando um contêiner ( partition ) e informando que tipo de contêiner é .
O segundo estágio, quando você cria e formata um sistema de arquivos descreve como os dados nesse contêiner serão usados (isso é uma aproximação aproximada). Sistemas de arquivos diferentes têm diferentes considerações de desempenho e segurança.
Não é um problema, como você diz, é uma questão de escolha. O Windows manipula discos da mesma maneira (em hardware compatível com PC), mas algumas dessas opções estão ocultas de você, mas ainda estão sendo feitas (em seu nome).