Você pode fazer isso de duas maneiras. Faça o backup do Ubuntu manualmente ou espelhe suas duas unidades usando uma configuração do RAID 1.
Faça o backup do Ubuntu
Este é provavelmente o método mais fácil. Você pode usar deja dup ou uma ferramenta semelhante para fazer o backup de pastas individuais ou de todo o sistema na outra unidade. Existe um guia sobre como usar o deja dup aqui .
Configurar o espelhamento de unidade usando RAID
Esse método leva um pouco mais de trabalho, mas é provavelmente mais fácil a longo prazo. RAID 1 é onde seus dois discos rígidos se espelharão, e. se você gravar 200MB de dados em disco, ele será gravado automaticamente em ambas as unidades, portanto, se um disco falhar, você terá um backup completo. Eu nunca fiz isso sozinho, mas tanto quanto eu sei você terá que reinstalar o Ubuntu para fazer isso. Eu encontrei alguns guias para você aqui e aqui .
Espero que isso responda à sua pergunta!