Você pode fazer isso:
awk -F, '$3 == "0"' ./inputfile.csv > ./out/output.csv
~
corresponde ao padrão, que você não deseja aqui. ==
corresponde à string literal "0" e nada mais. Também removi a instrução print
, pois está implícita se você não der um bloco de código.
Você também pode considerar o uso de uma biblioteca de análise de CSV real, pois a sintaxe pode ser mais complicada do que apenas as vírgulas (por exemplo, lidar com aspas e escapar).