Instalação do programa: Csh para Bash

Question

Estou tentando instalar o xscore v1.3 ( XSCORE MANUAL ). Eles fornecem instruções para configurar algumas variáveis ambientais no arquivo .cshrc em C-shell.

    setenv XTOOL_HOME   the_installation_directory_of_X-Score
    setenv XTOOL_PARAMETER  $XTOOL_HOME/parameter
    setenv XTOOL_BIN  $XTOOL_HOME/bin
    set path = ($path  $XTOOL_BIN)

If you are using other types of shell, please add the equivalent contents to your configuration file.

Como estou usando o Bash, tentei modificar o arquivo .profile com comandos equivalentes, como eles recomendam:

# set PATH so it includes user's private bin directories
XTOOL_HOME=/home/marta/Peptide/oficial-MC/sf/xscore_v1.3
XTOOL_PARAMETER=$XTOOL_HOME/parameter
XTOOL_BIN=$XTOOL_HOME/bin

PATH="$HOME/bin:$HOME/.local/bin:$PATH:$HOME/Programs/VMD/:$PATH:$XTOOL_HOME:$PATH:$XTOOL_PARAMETER:$PATH:$XTOOL_BIN"

No entanto, recebo o seguinte erro ao executar o programa:

marta@dagon:~$ xscore -fixpdb HER21.pdb try.pdb

X-Score starts to run ... Wed Sep 26 09:26:29 2018

Warning: XSCORE_PARAMETER is not set ... use default setting

Error: cannot open the file ../parameter/RESIDUE_DEF_XTOOL Please make sure it exists.

A pasta existe como o arquivo, mas o programa parece não conseguir localizá-las. Gostaria de saber se há algo errado nas configurações das variáveis de ambiente.

    

Answer 1

Para definir uma variável de ambiente, você deve atribuir um valor a uma variável de shell e export it. Isso pode ser feito de uma só vez com

export variable=value

ou em duas etapas com

variable=value
export variable

No seu caso:

XTOOL_HOME=/home/marta/Peptide/oficial-MC/sf/xscore_v1.3
XTOOL_PARAMETER="$XTOOL_HOME/parameter"
XTOOL_BIN="$XTOOL_HOME/bin"

export XTOOL_HOME XTOOL_PARAMETER XTOOL_BIN

PATH="$PATH:$XTOOL_BIN"

Observe a configuração de PATH . Seu código inclui desnecessariamente o valor antigo de PATH quatro vezes. O texto acima replica o código csh sugerido.

Além disso, a mensagem de erro menciona XSCORE_PARAMETER , mas não tenho certeza do que é isso. É algo definido pelo seu programa com base em uma ou várias das variáveis de ambiente acima (automaticamente), ou algo que você deve definir manualmente para algo que não é mencionado no manual.

De acordo com os comentários , este pode de fato ser um erro de digitação no manual, e as várias variáveis XTOOL devem, de fato, ser prefixadas com a string XSCORE em vez de XTOOL .