Suspeito que você tenha outra partição montada em /home . Quando você inicializou em um USB ativo, não montou essa partição, portanto, os arquivos copiados para o seu diretório inicial foram copiados para o seu diretório inicial na partição montada em / . Quando o Ubuntu inicializa e monta algo em /home , o conteúdo antigo fica efetivamente inacessível até você desmontar /home .
Você pode vincular a montagem / em outro lugar para acessar o diretório mascarado por outras montagens:
mkdir foo
sudo mount --bind / foo
du -sh foo/home