A razão mais comum pela qual um script funciona na linha de comando, mas não a partir de um crontab é que o script depende de uma variável de ambiente. Crontabs só tem algumas variáveis de ambiente definido: normalmente só HOME , USER , SHELL (set to /bin/sh ) e PATH (ajustado para o padrão do sistema). Se precisar de mais, você deve defini-los no arquivo crontab, ou fonte ~/.profile a partir do comando.
Talvez você tem duas versões do PHP instalados, que vem pela primeira vez em sua linha de comando $PATH e um que vem em primeiro lugar em sua padrão do sistema $PATH , eo PHP padrão do sistema foi alterada recentemente. Mas é impossível fazer mais do que um palpite, já que você não diz qual é o erro que está recebendo.