Eu nunca ouvi falar deste conselho antes, e é simplesmente errado.
No Linux, ldd normalmente é um script bash e acaba fazendo o equivalente a
LD_TRACE_LOADED_OBJECTS=1 /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 your_program
Portanto, ldd na verdade não executa "qualquer" programa em si, mas chama o carregador binário e que tenta executar seu programa.
(O restante do script é basicamente um invólucro para descobrir o ld.so correto para a chamada; por exemplo, 32 bits, 64 bits etc.).
A remoção de permissões de ldd não gera ganhos de segurança no Linux.