OK, então você deseja configurar um serviço na máquina host para aguardar um sinal de desligamento e, em seguida, desligar.
Execute isso no Terminal:
sudo echo "cat /dev/ttyS0
poweroff" > /etc/sbin/sshutdownd
sudo chmod 755 /etc/sbin/sshutdownd
E, em seguida, apenas execute isso na inicialização (você pode lançá-lo em um script init.d se desejar):
nohup /etc/sbin/sshutdownd &
No arduino, basta enviar um carro de retorno na linha serial e o sistema será desligado.