Descobriu-se que o programa IPNHost dependia de variáveis de ambiente de bibliotecas intel ipp para as quais o local não era especificado naquele momento durante a inicialização.
fez um script autoStart.sh
#!/bin/bash
source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
cd /root/IPNHost
./IPNHost
A fonte /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 carrega as variáveis de ambiente intel necessárias que especificam onde encontrar as bibliotecas carregadas dinamicamente.
No rc.local, eu chamei o autoStart.sh, isso funciona.