A tabela de partições é alterada, isso armazena o número inicial e final do bloco das partições. Esta tabela não está na partição e, portanto, não está no sistema de arquivos.
Vários endereços de bloco são alterados dentro do sistema de arquivos (isso faz parte dos metadados do sistema de arquivos). Isso faz parte do mapeamento de entradas de diretório para locais físicos. Nada disso é armazenado em um arquivo.
Portanto, a resposta curta é que nenhum arquivo foi alterado.
Você pode compactar (usando um arquivador que preserva todos os atributos e permissões de arquivos, etc.) o sistema de arquivos, depois recriar um sistema menor e descompactá-lo novamente. É assim que você faz se não tiver ferramentas de aumento / redução do sistema de arquivos para o seu sistema de arquivos.