No estilo simples do Unix, você precisa fazer um loop pelos arquivos:
for file in 1.txt 2.txt 3.txt; do cp -pi "$file" "${file%.*}(1).txt"; done
${file%.*} remove a extensão do nome do arquivo e, em seguida, (1).txt adiciona o número e restaura a extensão. As opções para cp avisam se já existe um destino ( -i ) e preservam as permissões ( -p ).
A maioria dos sistemas Linux terá o pacote mmv disponível; que permite que você simplesmente faça
mcp '*.txt' '#1(1).txt'
Isso copia todos os arquivos que terminam em .txt para um novo arquivo, correspondendo ao primeiro curinga ( #1 ) e anexando (1).txt . Os parênteses não precisam de escapar aqui porque estão entre aspas.
Como alternativa, se você usar um gerenciador de arquivos gráficos, poderá fazer exatamente o mesmo que faria no Windows.