O Bash apenas lembra um caminho por nome, portanto, ele terá apenas um caminho para gmx (no máximo). Você pode ver qual deles está executando
hash -t gmx
Rodando
hash -d gmx
excluirá qualquer entrada para gmx (a mostrada por hash -t ). Na próxima vez que você tentar executar gmx , o shell procurará nos diretórios listados em seu PATH e armazenará o primeiro que encontrar como hash.
Você não pode excluir um valor específico, mas pode forçar um determinado valor, incluindo um que não esteja no seu PATH :
hash -p /usr/local/bin/gmx gmx
Isso fará com que o shell execute /usr/local/bin/gmx quando você digitar gmx .
Veja o manual do Bash para detalhes.