Você quer dizer algo como gunzip -c folder1/myfile.gz > folder2/myfile ?
Com a opção -c , gunzip mantém os arquivos originais inalterados.
Se você quiser fazer isso para todos os arquivos .gz em folder1 , você pode usar
cd folder1; for f in *.gz ; do gunzip -c "$f" > ../folder2/"${f%.*}" ; done