Você está perdendo um caractere | do canal.
Experimente: sort myfile |uniq -u|tee newfile.txt
Se isso não estiver funcionando, forneça a mensagem de erro que você está recebendo.
By the way, este comando uniq -u elimina todas as linhas que têm duplicatas. Se esta é a sua intenção, tudo bem. Mas se você quiser ver uma das linhas duplicadas, precisará soltar -u para a parte uniq desta linha de comando, ou seja, sort myfile | uniq | tee newfile.txt