Supondo que a primeira coluna esteja estritamente ordenada:
$ awk -F, '$1==last {printf ",%s",$2;next} NR>1{print""} {last=$1;printf "%s",$0} END{print""}' file
1,cat,dog
2,apple
3,human
Como alternativa, permitir as linhas de entrada em qualquer ordem (e as linhas de saída em nenhuma ordem garantida):
$ awk -F, '{a[$1]=a[$1]","$2} END{for (i in a)print i a[i]}' file
1,cat,dog
2,apple
3,human