Supondo que você tenha o GNU sed ou o BSD sed, você perdeu a opção -i (ou -i '' com o BSD sed) para sed edição no local.
Você não precisa usar sed e perl para fazer isso, a única solicitação de um deles é fazer tudo:
LC_ALL=C sed -i 's/.*/"&",/' file
ou algo divertido com outra ferramenta padrão:
:|paste -d'"",' - file - -