Não tenho certeza do que você delimitou, mas você pode canalizar isso facilmente através do sed. Com a implementação GNU de sed
, no padrão de correspondência '\ b' irá denotar um limite de palavra, que você pode usar para se certificar de que você não pegar parte de uma frase, como "parar".
$ cat file
p.G345L sentence stop. p.X31Z part of another sentence
$ sed 's/\bp\.//g' file
G345L sentence stop. X31Z part of another sentence