Você está fazendo as coisas corretamente, no que diz respeito à passagem de variáveis. Para fazer a expressão funcionar, você precisa dobrar as barras invertidas , pelo menos com o Gawk :
myscript '\.\.+' ' ' ./inputfile
Note que você pode simplificar as partes do AWK:
#!/bin/bash
awk -v pat="$1" 'match($0, pat)' "$3"
awk -v pat="$1" -v rep="$2" '{gsub(pat, rep)} 1' "$3"