Não, ter imagens Snap que consomem 100% do seu sistema de arquivos é perfeitamente aceitável. Na verdade, é para funcionar dessa maneira.
A snap is a squashfs file carrying content and a bit of metadata that tells the system how to manipulate it. - https://docs.snapcraft.io/snaps/metadata
Como o Snap usa o SquashFS , que é um sistema de arquivos compactado somente para leitura, o tamanho do sistema de arquivos é sempre apenas grande o suficiente para conter seu conteúdo. Além disso, como o sistema de arquivos é somente leitura, não é necessário permitir armazenamento adicional, pois esse espaço adicional nunca poderá ser usado de qualquer maneira.