Recomendaria enfaticamente o formato de hora AAAA-mm-dd HH: MM: SS - esse formato não é ambíguo e é ordenado lexical e cronologicamente.
Você pode usar o perl para isso:
perl -MPOSIX=strftime -F, -ane '
$F[1] = strftime("%F %T", localtime $F[1]) if $. > 1;
print join ",", @F
' file