Isso depende do sistema de arquivos em uso.
Com ext4 , o sistema de arquivos tradicional e ainda bastante comum que deriva originalmente de ext2 (e com o qual ele é compatível com versões anteriores), o kernel espalha arquivos pelo disco rígido para evitar a fragmentação de arquivos. arquivos. Para fazer isso, no entanto, requer algum espaço livre no dispositivo de bloco que contém o sistema de arquivos. Se a quantidade de espaço em disco disponível for muito baixa, o kernel não poderá organizar os arquivos de maneira eficiente, e ocorrerá fragmentação (e, com isso, problemas de desempenho).
Esta é a razão pela qual os sistemas de arquivos ext* , por padrão, alocam 5% de seu espaço disponível para uso somente raiz. Embora seja possível modificar isso, não é recomendado, por razões óbvias. No entanto, mesmo que você não faça essa modificação e acabe gravando no disco até esgotar todos os 95% do espaço disponível em disco, o desempenho ainda poderá ser afetado se a situação continuar assim por muito tempo, especialmente se você está quase sem espaço e, em seguida, comece a gravar um arquivo grande na partição.
A versão curta é que sim, pode causar problemas de desempenho ao acessar esse sistema de arquivos, mas há uma configuração de segurança integrada que deve impedir o pior deles.
Outros sistemas de arquivos possuem recursos diferentes nessa área e podem ou não sofrer dos mesmos problemas; Por exemplo, o ZFS usa semântica de copy-on-write, para que possa reoptimizar onde armazena dados reais sempre que grava um novo bloco. Se você não sabe qual sistema de arquivos está usando, provavelmente está usando ext4 , e o acima se aplica.