Este é um bug no Upstream (Redhat) que foi relatado: link
Você pode resolver esse problema instalando o pacote gnome-packagekit-updater
com este comando.
sudo yum install gnome-packagekit-updater
Quando este pacote estiver instalado, você encontrará o ICON onde costumava estar. Ou seja: Aplicativos | Ferramentas do sistema | Atualização de Software
Você também pode iniciar o GUI Updater a partir da linha de comando, uma vez instalado, chamando este comando:
sudo gpk-update-viewer