Isso geralmente é feito com a rotina da biblioteca tcsendbreak C. Você pode obter isso a partir do shell usando um one-liner Python ou Perl:
python -c 'import termios; termios.tcsendbreak(3, 0)' 3>/dev/yourdevicename
perl -e 'use POSIX; tcsendbreak(3, 0)' 3>/dev/yourdevicename