Como Romeu apontou, você está usando aspas duplas em torno do seu comando. Isso significa que suas variáveis estão sendo expandidas antes de executar o comando ssh . Então o corpo do loop while é
echo $linea
e antes que o ssh linea provavelmente não exista, o comando que será passado se tornará apenas echo com linea sendo substituído por uma string vazia.
Se você usar aspas simples ao redor do parâmetro de comando, a expansão não acontecerá, e essa string será passada adiante, então
ssh -o stricthostkeychecking=no -o userknownhostsfile=/dev/null -o batchmode=yes -o passwordauthentication=no [email protected] 'sudo find /folder/CFGKCP/KCS\ Pro/Job\ Setup -name JOBCFG.info | while read linea; do echo $linea; done'
ou escape do $ para dizer ao seu shell para não expandi-lo