Você receberá em destination_dir
arquivos com o caminho completo de /
find /path/git_directory -type f -iname "*.py" \
-exec cp --parents -t /path/destination_dir {} +
Outra solução é rsync
rsync -Rr --prune-empty-dirs \
--include="*.py" \
--include="**/" \
--exclude="*" \
/path/git_directory /path/destination_dir