Isso realmente depende do que você entende por ferramentas de programação. Se você está falando sobre aplicativos GUI nativos do OS X, basta colocá-los em /Applications ou /Developer/Applications , para que possam ser acessados facilmente pelo Finder ou pelo Launchpad. Se você está falando sobre ferramentas de linha de comando, /usr/local é normalmente onde você os instalaria, com executáveis em /usr/local/bin , bibliotecas em /usr/local/lib , etc. Se o seu problema não é ter as permissões corretas para colocá-los lá , é para isso que o sudo é. Use-o para executar qualquer outro comando como root, seja cp , make install , etc.