> é o redirecionamento para um arquivo. | é um redirecionamento para um processo através do uso de um pipe.
O último essencialmente aponta o descritor de arquivo 1 ( STDOUT ) de um processo para um canal que leva ao descritor de arquivo 0 ( STDIN ) de outro processo. Uma operação de redirecionamento de arquivo não é tão complexa, ele simplesmente pega um FD e o copia para um arquivo.