(resumo dos comentários)
Você tem um host virtual SSL conflitante do host virtual do Ubuntu / Debian default-ssl . a2dissite default-ssl corrigirá o problema imediato.
O Wiki do Servidor HTTP Apache tem um guia para configurar hosts virtuais SSL baseados em nome que você deve revisar. O guia mostra todos eles em um arquivo, mas você pode dividir as diferentes seções VirtualHost em arquivos diferentes (em sites-available/ ) - eles estão todos incluídos na configuração principal. Você pode colocar coisas como a linha NameVirtualHost em ports.conf ou em conf-available/ . /usr/share/doc/apache2/README.Debian.gz contém alguma documentação sobre o tratamento de configuração do Debian / Ubuntu apache.