Você sabe que pode copiar um disco inteiro como um sistema de arquivos iso como este:
cat /dev/sr0 > filename.iso
Diferentemente de trocar discos na bandeja, isso torna o software sem problemas. Você pode escrever um script de linha dupla para montar todas as iso's e copiar todas ou partes dos dados delas. O lado do software de "cansativo" deve envolver um comando shell repetido cada vez que você carregar a bandeja e cerca de 5 linhas de código para extrair tudo ou coisas específicas quando estiver pronto.
A parte de hardware só pode ser automatizada com um leitor de múltiplos discos, unidades extras ou algum tipo de carregador. Onde você está procurando uma solução de hardware?