Primeiro, um aparte: armazenar seus dados do mongo em /usr/local/mongodb_data parece um pouco estranho; a maior parte do armazenamento nos bastidores está em /var/ ou, para aplicativos auto-instalados, /var/local/ . Veja hier(7) ou o Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos para mais detalhes. (A ESF tem um nome errado: porque é descritiva, não prescritiva, não é um padrão. Mas vale a pena ler.)
Seu arquivo mongodb.lock pertence a root porque você executou:
sudo mongod --dbpath=/usr/local/mongodb_data
sudo(8) executa programas com um id de usuário efetivo diferente (veja seteuid(2) , setreuid(2) para detalhes). Como você não especificou nenhum outro usuário com a opção -u , sudo(8) assumiu a conta root . Assim, seu arquivo de bloqueio foi criado com root owner e group. (Compare sudo id com id para ver o que muda.)
O que é estranho é que o arquivo de bloqueio deveria ter sido removido quando você parou o banco de dados mongod . Certifique-se de que você está parando corretamente - não apenas para que os arquivos de bloqueio sejam removidos -, mas também para que você saiba que os dados foram salvos corretamente no disco.