Acho que o que significa é que as distribuições não devem presumir que uma instalação tenha a propriedade exclusiva de /usr , não que tudo em /usr deva funcionar com todos os sistemas compatíveis com FHS. Eu acho que ouvi falar de /usr sendo servido pela rede (via NFS, por exemplo) para um monte de sistemas rodando a mesma distro. Como /usr é onde reside a maioria dos arquivos instalados, isso gera muita economia de espaço. Além disso, acho que não é incomum ter /usr um sistema de arquivos separado em qualquer caso, montado somente leitura para segurança adicional, portanto a parte "não deve ser gravada em" também ajuda com isso.
/etc não pode ser compartilhado dessa maneira - alguns arquivos, como /etc/hostname , são necessariamente diferentes para cada host (embora a maioria dos arquivos em /etc possa ser compartilhada, eu acho). Nem /var - não faria sentido ter dois serviços em diferentes sistemas registrando no mesmo arquivo, por exemplo.