As pastas que começam com um '.' são pastas ocultas no Linux, o que significa que você precisa adicionar o sinalizador -a (all) a ls para visualizá-las. Tente isto:
ls -la ~/
E você deve encontrar as pastas que começam com um ponto criado pelo IntelliJ em sua pasta pessoal.
Além disso, se você instalou com um .deb ou de um repositório, use a opção "purgue" ou o apt para remover automaticamente os arquivos de configuração, que é o que está sendo armazenado nessa pasta:
sudo apt purge intelliJ
Você terá que verificar o nome do pacote, mas não sei se é chamado assim.