Várias possibilidades:
if ! [[ $naamm =~ \.java$ ]]
ou
name="${name%.java}.java"
ou
if [ "${name: -5}" = '.java' ]
pergunta adicional
O conteúdo pode ser gravado em um arquivo como este:
echo "public class $naamm {
public main..." >file
Para conteúdos maiores, essa abordagem é mais fácil:
cat <<\EOT >file
public class $naamm {
public main...
EOT