find top-folder -type f -name '.DS_Store' -exec rm -f {} +
ou, mais simplesmente,
find top-folder -type f -name '.DS_Store' -delete
em que top-folder
é o caminho para a pasta principal na qual você gostaria de pesquisar.
Para imprimir os caminhos dos arquivos encontrados antes que eles sejam excluídos:
find top-folder -type f -name '.DS_Store' -print -exec rm -f {} +