Esta não é uma maneira apropriada de remover repositórios, geralmente repositórios vêm de pacotes, então remover um repositório é uma questão de encontrar um pacote ao qual ele pertence.
$ rpm -qf /etc/yum.repos.d/repository.repo
Se o arquivo de repositório estiver pertencendo a algum comando, o pacote upper dirá qual é esse pacote.
Em segundo lugar, não há necessidade de remover nada, os repositórios podem ser desativados. Você pode usar o seguinte comando para informar quais repositórios estão ativados no momento.
$ sudo dnf repolist
Você pode usar o seguinte comando para desabilitar um repositório.
$ sudo dnf config-manager --set-disabled <repository>
Parte da sua pergunta, essa mensagem de erro não tem nada a ver com falta de repositórios, e tem algo a ver com rede (dns, cache, etc.).
Os repositórios mínimos que você deve ter ativado são fedora
e fedora-updates
.