A página de manual explica, só é usada durante a transferência:
-z, --compress
With this option, rsync compresses the file data as it is sent to the destination machine, which reduces the amount of data being transmitted -- something that is useful over a slow connection. [...]
Fazer backup de arquivos de banco de dados "vivos" nunca é uma boa ideia e você deve sempre parar o banco de dados antes de tocar nos arquivos, não apenas quando quiser a compactação.