Você não pode realmente fazer isso de forma adequada. Você não pode modificar o conteúdo de um commit; você só pode criar novos commits. Mesmo que isso fosse possível, isso quebraria o git: os commits no servidor não estariam relacionados ao histórico armazenado nos repositórios locais do desenvolvedor, e nada funcionaria. Você realmente precisa executar esse tipo de filtragem antes que arquivos sejam adicionados ao repositório, e é por isso que você faz isso do lado do cliente em pre-commit
hooks, etc.
Uma solução melhor é implementar um mecanismo de imposição no servidor: rejeitar alterações que não atendem a seus padrões.