Você pode armazenar os ProxyCommand e Tunnel com TunnelDevice no seu ssh_config . O Git respeita sua configuração ssh que você define em ~/.ssh/config .
Além disso, no Fedora 25 (openssh-7.3, ou copr ), você pode use a diretiva Include para modificar sua configuração usando um único caractere em sua configuração, algo como:
# ~/.ssh/config
#Include ~/.ssh/config_proxy
Host github.com
# some standard configuration
# ~/.ssh/config_proxy
Host github.com
ProxyCommand something
Você pode certamente fazer o script dessa alteração com o simples sed , se desejar.