A causa raiz do problema foi o hardware defeituoso. ttyS1 port do sistema estava recebendo milhares de interrupções por segundo, o que, por sua vez, resultou em alto uso da CPU em kworker . Isso causou a criação do heap de <defucnt> processos e não foi limpo por init . Isso pode ser um bug de init como sugerido por @jilliagre.
Desativar getty em ttyS1 resolveu o problema.