De man pwd no meu Ubuntu:
your shell may have its own version of pwd
Eu uso bash . O comando simples pwd me fornece um caminho em relação ao link simbólico; ainda /bin/pwd retorna o caminho real. O comando cd também é um bash embutido.
Em outras palavras: isso é específico do shell.
EDIT: o comentário do thrig (veja abaixo) parece ser uma alternativa melhor para tudo que eu escrevi abaixo desta linha.
Para "fazer backup" no diretório real, tente cd "$(/bin/pwd)/.." ou cd "$(/bin/pwd)"; cd .. . O segundo formulário pode ser ajustado para criar um alias para cd , eu acho:
alias cd='cd "$(/bin/pwd)"; cd'
Da mesma forma, você pode se livrar do bash pwd builtin:
alias pwd='/bin/pwd'