/ sbin / reboot é o binário real que realmente é um link simbólico para o daemon de parada
$ls -la /sbin/reboot
lrwxrwxrwx 1 root root 4 Apr 6 2015 /sbin/reboot -> halt
O binário de parada é codificado de tal forma que o comportamento difere quando chamado como halt ou quando chamado como reinicialização a partir da linha de comando.
/etc/init.d/reboot é na verdade um script invocado no runlevel 6 ao desligar, por:
/etc/init.d/rc6.d/K10reboot
Como você pode ver:
$ ls -la /etc/rc6.d/K10reboot
lrwxrwxrwx 1 root root 16 Nov 14 18:19 /etc/rc6.d/K10reboot -> ../init.d/reboot
O /etc/init.d/reboot real quando invocado com a opção stop, como acontece com o symlink Kxx mencionado acima, chama o binário de reinicialização como
reboot -d -f -i
De "man reboot"
-d Don't write the wtmp record.
-i Shut down all network interfaces just before halt or reboot.
-f Force halt or reboot, don't call shutdown(8).
Quanto ao comentário sobre os scripts Kxxx e o nível de execução 6, eles fazem parte dos scripts de inicialização do Sys V.
Por favor, veja uma explicação aqui: