Parece que o compilador C (provavelmente o gcc) não consegue encontrar o Python.h. Você pode editar a fonte do SPI-Py para apontar para a versão do PyPy, ou você pode instalar o pacote python-dev apropriado para executar a instalação do SPI-Py.
Instale o python-dev
Este é o método menos intrusivo, mas pode ser considerado "volumoso", já que você já tem o PyPy no sistema. Se você estiver usando o Python 2, pegue o pacote dev:
sudo apt-get install python-dev
Ou, para instalar o pacote do Python 3 dev:
sudo apt-get install python3-dev
Depois de ter o pacote dev apropriado, tente instalar o SPI-Py novamente. Se tiver sucesso, você pode remover com segurança o pacote de desenvolvimento do Python, se desejar. Para remover o pacote do Python 2 dev:
sudo apt-get purge python-dev
Ou, para remover o pacote do Python 3 dev:
sudo apt-get purge python3-dev
Após um dos comandos, você pode remover suas dependências com:
sudo apt-get autoremove
Modifique o SPI-Py
Por favor, note que eu não testei esta solução. Para forçar o SPI-Py a usar o "Python.h" do PyPy, você provavelmente terá que editar o arquivo spi.c. Altere a seguinte linha:
module1 = Extension('spi', sources = ['spi.c'])
para:
module1 = Extension('spi',
include_dirs = ['/usr/lib/pypy-upstream/include/'],
sources = ['spi.c'])
Depois disso, tente instalar o SPI-Py novamente.