reboot faz uma reinicialização adequada, não vai ignorar o GRUB.
apt-get update não afetaria, mas apt-get upgrade pode ter atualizado o GRUB ou instalado um novo kernel e, como resultado, a configuração do GRUB regenerada.
Eu tinha um GRUB bem quebrado configurado onde o boot requeria que a tecla enter fosse pressionada. No entanto hoje eu corri sudo reboot e desligou e voltou sem problemas. Duvido que eu tenha corrigido meu problema no GRUB (a menos que o apt-get upgrade / update o afete), então pensei que talvez a reinicialização não vá até o GRUB?