Faça o login no terminal (usando Ctrl + Alt + F1) como root, edite o arquivo /etc/pam.d/gdm-password
e comente a linha
auth required pam_succeed_if.so user != root quiet
colocando um caractere #
no início da linha. Então reboot
e você será capaz de se conectar.
Esta solução veio do fórum oficial do kali linux ( link ) e relatórios oficiais de bugs ( link )