Geralmente, vários sinalizadores de letra única podem ser combinados em um único argumento. Neste caso:
cp -ar ../foo/bar/. qux/quux/
é equivalente a:
cp -a -r ../foo/bar/. qux/quux/
Se você olhar no manual, ele dirá que -a é "igual a -dR --preserve = all". Você pode procurar todas essas opções se quiser, mas a versão curta é que o sinalizador -a faz com que os novos arquivos tenham as mesmas permissões, proprietário, registro de data e hora, etc. que os arquivos originais. (Normalmente, eles seriam de propriedade do usuário executando o 'cp' com permissões definidas pela configuração do shell e um registro de data e hora atual.)