A partir do CLI, conforme solicitado:
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences enable-delete true
Explicação solicitada do OP:
O Nautilus faz parte do GNOME, por isso armazena as preferências em org.gnome.nautilus.preferences
. De lá, só tinha que olhar para a lista.
Além disso, você pode obter todas as configurações relacionadas ao Nautilus por gsettings list-recursively | grep nautilus
.