como você inicia o jack?
algumas sugestões:
run jack as user, not as root
try using qjackctl
adjust
/etc/security/limits.d/audio.conf
if required (for realtime audio only !!)
disable autospawn in /etc/pulse/client.conf
and stop pulseaudio
sudo pulseaudio --kill
se você tiver o jack funcionando, mais tarde poderá
sudo apt-get install pulseaudio-module-jack
e reativar o pulseaudio