Use links simbólicos relativos em vez disso:
media
└disk1
├folder1
│ └folder2 (symlink to ../folder2)
└folder2
Quando copiado, será o mesmo e, como isso é relativo ao local, ele terá o mesmo propósito em disk2
.
Caso isso não esteja claro, a ideia é:
cd /media/disk1/folder1
rm folder2
ln -s ../folder2 folder2
Este último comando é diferente de ln -s /media/disk1/folder2 folder2
; no primeiro caso o conteúdo do link é um caminho relativo, no segundo é absoluto. Você quer usar caminhos relativos, não absolutos, neste caso.