Você pode encontrar facilmente a localização dessas informações de configuração fazendo uma pequena alteração em uma das configurações do aplicativo (certifique-se de que você pode desfazê-la, se necessário) e faça:
find ~ -type f -mmin -1
Que localizam todos os arquivos em seu diretório inicial que foram alterados no último minuto.
Você verá que os arquivos estão em ~/.config/autostart/ (para cada usuário)