A boa notícia é que todos os seus dados ainda estão lá. A novidade é que a instalação do seu sistema pode ou não ser recuperável - depende de onde chmod parou.
Você precisará inicializar em um sistema de recuperação para repará-lo. Do sistema de resgate, monte sua instalação quebrada em algum lugar, digamos /mnt . Emita os seguintes comandos:
chmod 755 /mnt
find /mnt -type d -perm 644 >/mnt/bad-permissions
find /mnt -type d -exec chmod 755 {} +
O primeiro comando find salva um registro de diretórios com permissões ruins em um arquivo. O objetivo é ver onde as permissões foram modificadas. O segundo comando find altera todos os diretórios para serem acessíveis publicamente.
Agora você tem um sistema no qual todos os diretórios listados em /mnt/bad-permissions e todos os arquivos nesses diretórios são legíveis por todos. Além disso, os arquivos nesses diretórios não são executáveis. Dependendo de quais arquivos foram afetados, isso pode ser facilmente reparado ou não. Veja Defina erroneamente chmod / 777. Problemas? para o que você pode tentar obter o sistema funcional, ao qual você deve adicionar
chmod a+x /bin/* /sbin/* /usr/bin/* /usr/sbin/* /lib*/ld-*
Mas, mesmo que você consiga alguma coisa funcionar, há um alto risco de que algumas permissões ainda estejam erradas. Por isso, recomendo reinstalar um novo sistema e restaurar seus dados. Como faço para replicar as seleções de pacotes instalados de um sistema Debian para outro? (Debian Wheezy) deve ajudar.